정권에 따라 오락가락하는 세종보 정책으로 인해 막대한 예산이 낭비되고 있다는 지적이 제기되고 있다. 최근 2025년 9월 25일자 조선일보 보도에 따르면, 세종보와 관련한 정책 변화로 인해 이미 240억 원의 예산이 허비되었으며, 향후 보 해체 시 총 355억 원의 추가적인 손실이 발생할 것으로 추산된다. 이러한 예산 낭비 논란 속에서 환경부는 4대강 재자연화 사업을 둘러싼 복잡한 문제를 해결하기 위해 ‘합리적인 추진’을 강조하며, 환경적 가치와 지역사회의 다양한 의견을 조화롭게 반영하겠다는 입장을 밝혔다.
환경부는 과거와 달리 민관협의체를 복원하여 지역 주민들의 목소리에 더욱 귀 기울이고, 이를 기반으로 4대강 재자연화 방안을 신중하게 마련해 나가겠다는 계획이다. 특히, 4대강 보 개방은 단순히 물 흐름을 원활하게 하는 것을 넘어 녹조 발생을 줄이고 수생태계의 건강성을 회복시키는 등 중요한 환경적 가치를 증대시킨다고 설명한다. 실제로 세종보 개방 이후 흰목물떼새와 흰수마자 등 멸종위기종의 서식 범위가 확대되는 긍정적인 결과가 확인되었다. 또한, 공주시와 협력하여 공주보를 완전 개방한 상태로 축제를 개최하는 등 재자연화가 지역사회에도 긍정적인 영향을 미칠 수 있는 방안을 적극적으로 모색하고 있다. 이는 과거 2018년부터 백제문화제 기간 동안 공주보에 물을 채워 금강 고마나루 모래사장에 진흙이 쌓이고 악취가 발생하는 문제가 매년 반복되었던 것과는 대조적인 모습이다.
더욱이, 현재 완전 개방 상태인 세종보의 경우, 농업용수나 생활용수 확보라는 이수 목적보다는 친수 공간 조성을 위한 목적으로 건설된 시설이라는 점을 강조한다. 보도를 통해 제기된 소수력 발전 수익에 대해서도, 물을 채워 운영했던 2013년부터 2016년까지의 연평균 발전 수익은 11.4억 원이었으나, 이를 유지보수하는 데 드는 비용은 연평균 16.2억 원으로 오히려 4.8억 원의 순손실이 발생했다. 게다가 시설 노후화로 인해 최근 5년간(2020년~2024년) 유지관리비는 연평균 약 29억 원으로 증가하는 추세에 있어, 단순한 비용 효과성 측면에서도 재고의 여지가 있음을 시사한다. 이러한 복합적인 문제들을 고려하여 환경부는 4대강 재자연화 사업을 둘러싼 논란을 종식시키고, 환경적 가치와 지역사회의 요구를 모두 충족시키는 합리적인 방향으로 사업을 추진해 나갈 방침이다.
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